Подобное единовременное исследование сельского поселения вместе с его кладбищем стало практиковаться в российской археологии лишь в последние десятилетия, так что примененный на Мякининском комплексе научный подход можно назвать одним из первых в России. При этом здесь впервые подобные исследования проводились на широких площадях, со вскрытием максимально возможной площади памятников.
Сами раскопки поселения и курганов проводились с привлечением различных специалистов в смежных областях науки – геоморфологов, почвоведов, палинологов, остеологов, карпологов, антропологов и др., причем результаты исследований этих специалистов применялись для корректировки методики и порядка археологических раскопок уже в ходе полевых работ, отражаясь в отчетах о раскопках и экспресс-публикациях. Обработка полученных материалов также проводилась комплексно – т.е. с привлечением лабораторных методов (радиоуглеродного датирования, фитолитного анализа, рентгеноспектрального анализа стекла и металлов, металлографического анализа металлических изделий и др.). К изучению коллекций, кроме работников Института археологии РАН, были привлечены сотрудники иных научных организаций Москвы и Санкт-Петербурга (Государственного исторического музея, Московского государственного университета, Российского государственного гуманитарного университета, НИИ культурного и природного наследия, Института истории материальной культуры, Геологического института РАН, Института географии РАН и др.).
