Путь Мессершмидта из Петербурга (весна 1719 г.) пролегал через Москву (5 сентября 1719 г.) до Коломны, по Оке до Нижнего Новгорода, по Волге до Казани, оттуда на санях через Хлынов, Соликамск, Туринск, Тюмень в Тобольск. В Тобольске он пробыл с 24 декабря 1719 года по 1 марта 1721 г. Далее путь следовал через Тару в Томск (с 1 марта по 30 марта), Кузнецк – Абаканск – Красноярск (5 июля 1721 г. – 20 февраля 1722 г.), Ачинск, Саянские горы (13 мая – 5 октября 1722 г.), Мангазея и вверх по Нижней Тунгуске (8 мая – 19 сентября 1722 г.), на Иркутск (19 сентября – 19 декабря 1722 г.), Нерчинский завод, через Читинск в Иркутск, по Ангаре в Енисейск, снова в Тобольск. 22 марта 1726 г. через Соликамск выехал в Москву, куда прибыл 31 января 1727 г.
Возвращался в Москву Мессершмидт с четырнадцатью ямскими подводами. 27 марта 1727 г. ученый прибыл в Петербург. 28 марта все привезенные им вещи, как предназначенные для сдачи в Медицинскую канцелярию, так и его собственные, были опечатаны, так как Мессершмидт привез и сложил их не в Медицинской канцелярии, а на нанятой им для жилья квартире. И. Блюментрост, возглавлявший Медицинскую канцелярию, пригласил ученых Академии наук (Ж.-Н. Делиль, И. Буксбаум, З. Байер, И.Д. Шумахер) провести осмотр вещей и отобрать те, которые необходимы для Кунсткамеры, что и было сделано. 16 сентября 1729 г. Мессершмидт отбыл в Данциг. Отправленные им вещи, в том числе натуралии, редкости, книги, рукописи погибли на затонувшем 27 октября корабле у г. Пиллау. В 1731 г. Мессершмидт вернулся в Петербург, где скончался 25 марта 1735 г.
