Кроме того, в лаборатории Лейкарта Мечников открыл неизвестный ранее научный факт перемежающегося размножения: он нашел, что гермафродитные паразитические нематоды (круглые черви), паразитирующие в теле лягушки, периодически дают свободно живущее раздельнополое потомство. Свое открытие Мечников сделал в отсутствие Лейкарта. Когда тот вернулся, то он не только признал полученные Мечниковым данные, но и предложил опубликовать их в печати. Однако Лейкарт опубликовал результаты мечниковского исследования в «Геттингенских известиях» (Gottinger Nachrichten) единолично, приписав себе авторство данного открытия, а «кандидата Мечникова» упомянул лишь как технического помощника. Оскорбленный и возмущенный таким неэтичным поступком шефа, Мечников послал опровержение в научный журнал и, не попрощавшись с Лейкартом, покинул Гиссен. Так большой научный успех Мечникова обернулся для него личной драмой. Впредь, он решил работать самостоятельно. К сожалению, письмо Мечникова было опубликовано в следующем, 1866-м году, и открытие автоматически закрепилось за Лейкартом. Только через много лет приоритет Мечникова в данном вопросе был восстановлен.
Работая в Германии, Мечников имел возможность посетить Женеву, где жил его брат Лев Ильич, и познакомиться с вождем русской политической эмиграции: А.И. Герценом (1812–1870). Позже в Неаполе он встретился с М.А. Бакуниным (1814–1876). Обе встречи вызвали у Ильи Ильича полное неприятие политической деятельности.
