В 1885 г. Ляпунов успешно окончил университет и был оставлен при нем для подготовки к профессорскому званию. Однако по окончании университета он не сразу приступает к написанию магистерской диссертации. Он продолжает посещать лекции в Петербургском университете, слушает новые курсы И.В. Ягича, посещает лекции С.К. Булича, П.А. Сырку. Но резкое ухудшение здоровья вынуждает Ляпунова уехать на юг. Переехав в Харьков, среди новых людей он продолжает свое лингвистическое образование. Он посещает лекции А.А. Потебни, М.С. Дринова и других ученых. Ляпунов часто причислял себя к ученикам Потебни, но настоящим учеником ученого он не стал, так как их общение было слишком кратким – уже в конце 1887 г. Ляпунов переехал в Москву.
В Москве он сближается с Ф.Ф. Фортунатовым. Именно под влиянием Фортунатова сформировался научный метод Ляпунова – не случайно, что он всегда причислял себя к московской лингвистической школе. И дело не только в том, что он посещал лекции Фортунатова, всегда был желанным гостем на его знаменитых четвергах, но прежде всего в том, что он усвоил основные принципы школы Фортунатова и использовал их в своих исследованиях. Эти принципы Ляпунов определял таким образом: «…Существенным в нем [в направлении Фортунатова] нужно признать стремление фонетические явления новых наречий объяснять из фонетических вариантов уже праязыка, который искони уже несомненно дробился на говоры, а не представлял идеального единства, возможного лишь в языке одного человека; к этому присоединить необходимо, как существенное свойство этого метода, также детальное исследование всех условий возникновения каждого фонетического явления» (см.: Б. Ляпунов. Рец. на кн.: А. Шахматов. Исследования в области русской фонетики // Зап. Имп. Харьк. ун-та. Т. 4. 1894. С. 6). Стремление ученых школы Фортунатова открыть современные диалектные различия уже в праязыке характерно и для большинства работ Ляпунова. В Москве он участвует в работе над большим болгарским словарем А.Л. Дювернуа (словарь из-за преждевременной смерти Дювернуа остался незаконченным).
Через некоторое время из-за слабого здоровья Б.М. Ляпунов вынужден вновь прервать занятия и для перемены климата переехать в Харьков. В 1896 г. он сдает у профессора М.С. Дринова магистерские экзамены и в 1897 г. утверждается приват-доцентом Харьковского университета. В 1899 г. Ляпунов завершает свою переработанную студенческую работу «Исследование о языке Синодального списка I Новгородской летописи», за которую ему присваивается степень магистра славянской филологии. Эта работа считается основным трудом ученого. В центре внимания исследования находятся гласные ъ и ь, которые Ляпунов, как и Фортунатов, называет иррациональными. Автора прежде всего интересует общая теория славянских сверхкратких гласных, их этимология в различных морфемах, праславянские диалектные варианты.
После защиты диссертации Ляпунов получает приглашение занять должность экстраординарного профессора по кафедре славяноведения в Одесском университете. В
1901 г. он переезжает в Одессу, где работает до 1924 г.
