Основной задачей Отделения РАН является развитие фундаментальных исследований в научных организациях Отделения, их координация, анализ и прогноз состояния и развития отечественной и мировой науки. Отделение РАН осуществляет научно-методическое и научно-организационное руководство институтами и другими организациями, входящими в состав Отделения, содействует укреплению и развитию их кадрового состава, материальной и научной базы, их связей с научными организациями и учеными различных ведомств и высших учебных заведений, развивает международное научное сотрудничество. Отделение участвует в разработке и экспертизе крупных научно-технических программ и проектов