Ксенофонтов М.Ю. руководит теоретическими и прикладными исследованиями по анализу и прогнозу развития сельского хозяйства, по обоснованию приоритетов агропродовольственной политики, по методологии разработки стратегий развития экономики в целом и ее отдельных отраслей, научно-технической и экологической политики, а также методологии государственной статистики. Ксенофонтов М.Ю. ведет активную преподавательскую деятельность: является заместителем заведующего кафедрой анализа и прогнозирования национальной экономики факультета управления и прикладной математики МФТИ, профессором кафедры социально-экономического прогнозирования Государственного университета управления.