Откровением стали неизвестные архитектурные изразцы 1650-х гг. для фасадов, интерьера и центральной святыни собора – полноразмерной модели Гроба Господня. При южном входе в собор раскрыты основания неизвестной ранее пристройки (Капелла Франков?) – особого парадного входа на Голгофу по небольшой наружной лестнице, которая так и не была воздвигнута.
Вдоль современных стен открыт образцовый крепостной гласис эпохи Никона: вал из песка, обложенный по склонам булыжным панцирем и, поверх камня, дерном, который венчали деревянные стены с башнями; утраченные части нынешних стен и башен 1690-х гг. (караулен, оранжерей, сложных подземных сводчатых палат, обкладка склона холма из белокаменных квадров). В источниках эти сооружения в лучшем случае упоминались.
Работы внутри монастыря сосредоточены в южной зоне, где располагался двор патриарха Никона и первые деревянные храмы монастыря, Воскресенский собор и Трехсвятительская церковь; стояли палаты и дворцы для приема царственных особ и корпус келий. Эти здания находились в сложном хроно-топографическом соотношении.
В зоне двора патриарха Никона открыты постройки складского типа, где отложились серии не использованных архитектурных и печных изразцов, поливных плиток пола и посуды. Здесь сделаны неординарные находки: ювелирный инструмент для шлифовки, уже упомянутый золотой «марианский дукат» короля Венгрии Матиаша Корвина.
В эпоху Никона монастырь предстает опытной стройплощадкой, в которую вписано и собственное жилище патриарха, и сам собор. ,
