Расположение пелен не только в алтаре, но и на западных столбах очень нехарактерно для XII в.: пелены на столбах и в западной части храма стали распространены в XIV–XV вв.; до этого в этой зоне помещали мраморировки или, по-гречески, полилитии: имитацию убранства стен византийских храмов из пиленых и полированных мраморных плит с различным рисунком прожилок. На внутреннем откосе северного портала встречен также фрагмент фрески с растительным орнаментом.
Новые детали, открытые экспедицией 2011 г., существенно дополнили картину первоначального убранства храма.
В 2012 г. раскопки в интерьере церкви Бориса и Глеба в Кидекше были продолжены. Они проводились в боковых абсидах храма и вокруг престола в средней части алтаря. В северной боковой абсиде был обнаружен престол придельного храма, когда-то существовавшего в этом полукружии: невысокая белокаменная стенка с проемом для дверцы (первоначально этот полукруглый престол имел сверху дощатую или каменную крышку, ныне утраченную). Подобная форма престолов очень редка, зафиксировано несколько образцов в Ладоге (XII в.), а во Владимиро-Суздальской Руси это единственный пример. В южной боковой абсиде такого престола не было, здесь было обнаружено еще два резных фрагмента белого камня.
Был дополнительно изучен престол, причем было установлено, что он сделан одновременно с поднятием пола в алтарной части храма. Эта перестройка отнесена нами к началу XIII в. В это время пол в алтаре был поднят на 35 см, сооружен новый престол, синтрон, епископская скамья в средней абсиде, была устроена заново и расписана. Нижняя часть фресок середины XII века была срублена: они все равно скрывались под полом.
