Развитие Кунсткамеры Петра Великого как музея было приостановлено вследствие того, что рано утром 5 декабря 1747 г. от неисправности дымоходной трубы (она лопнула вблизи деревянного бруса) случился в здании пожар. «В прошлую субботу по утру в пятом часу учинился в палатах императорской Библиотеки и Кунсткамеры пожар, который через малое время так сильно распространился, что никоим образом не возможно стало палат спасти, а особливо как огонь до башни добрался и оную обхватил», – писала газета «Санкт-Петербургские ведомости» [48].
Предметы и книги выбрасывались из окон в снег: «С каким прискорбием смотреть было должно на толикое множество разбросанных и в грязь помешанных пребогатых вещей» [49]. Сгорела обсерватория, Готторпский глобус, многие этнографические, в том числе сибирские и китайские коллекции. Сохранившиеся книги и вещи срочно перевозились в ближайшие к Кунсткамере дома. Предстояла тяжелейшая работа по восстановлению здания, восполнению коллекций и библиотечных фондов. Эти задачи решались на протяжении почти 20 лет.