Сектор интеллектуальных управляющих систем появился после прихода в отдел коллектива бывшей лаборатории В.М. Брябрина. Его возглавил к.ф.-м.н. Г.А. Сенин. Тематика была связана с системным программированием информационными системами, базами данных. Затем в 1991г. зав. сектором стал В.Л. Вен и основным направлением стала разработка системы СПЕКТР для автоматизации управленческой деятельности аппаратом ОИВТА. В 1999 г. руководить сектором стал к.т.н. В.Н. Захаров, и в проблематики секторе появилось направление связанное с интеллектуальным управлением на основе нечетких логик приложении в робототехнике и медицинских приборах.