Институт социально-экономических проблем был образован в Ленинграде Постановлениями Президиума АН СССР от 14 ноября 1974 года и от 29 мая 1975 года. Он был создан на базе ленинградских отделений Центрального экономико-математического института, Института истории естествознания и техники, секторов Институтов: Философии, Социологических исследований, Экономики. В состав ИСЭП АН СССР был также включен и Ленинградский отдел Всесоюзного научно-исследовательского института проблем организации и управления ГКНТ Совета Министров СССР. 22 июня 1999 года ИСЭП был преобразован в Институт проблем региональной экономики РАН.