Работает в области молекулярной биологии и биоорганической химии (структурно-функциональный анализ комплексов белков с нуклеиновыми кислотами; изучение механизма биосинтеза белка). Главный научный сотрудник и зам. директора Института физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ; зав. кафедрой химии природных соединений химического факультета МГУ. Председатель одного и член двух диссертационных советов. Член научных советов РАН по молекулярной биологии и биоорганической химии. Член наблюдательного совета Международного института молекулярной и клеточной биологии (Варшава, Польша). Зам. главного редактора журнала «Биохимия»; член редколлегии журнала «Биоорганическая химия». Председатель Экспертного совета по биологии и медицине РФФИ. Член комиссии по биомедицине Государственной думы РФ. Читает в Московском университете курс «Химия биологических процессов»; руководит работой двух аспирантов. Автор и соавтор четырех учебников и 200 научных статей, в т.ч.: Агол В.И., Богданов А.А., Гвоздев В.А., Грагеров А.И., Колчинский А.И., Мирзабеков А.Д., Никифоров В.Г. «Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот» - М., Высшая школа, 1990. (учебник) Shabarova Z.A. and Bogdanov A.A. "Advanced Organic Chemistry of Nucleic Acids" VCH, Weincheim-New York-Basel-Cambridge, 1994. (учебник) Шабарова З.А., Богданов А.А. и Золотухин А.С. "Химические основы генетической инженерии" Издательство Московского университета, 1994. (учебник) Shatsky I.N., Bakin A.V., Bogdanov A.A., Vasiliev V.D. How does the mRNA pass through the ribosome? - Biochimie, special issue, 1991, 73, 937-945. Bogdanov A., Lavrik I., Dokudovskaya S., Dontsova O., Structure and function of 5S rRNA in the ribosome. - Biochemistry and Cell Biology, 1995, 73, 869-876. Bogdanov A.A. Physico-chemical Studies of Ribosomal RNA Structure. In "Ribosomal RNA. Structure, Evolution, Processing, and Function in Protein Biosinthesys" (R.A.Zimmermann and A.E.Dahlberg, eds) - CRC Press, 1996, 149-170. Сергиев П.В., Лаврик И.Н., Докудовская С.С., Донцова О.А., Богданов А.А. Строение декодирующего центра рибосомы. - Биохимия, 1998, 63, 1129-1143. Sergiev P., Leonov A., Dokudovskaya S., Spanchenko O., Dontsova A., Bogdanov A., Rinke-Appel J., Mueller F., Osswald M., von Knoblauch K., Bimacombe R. Correlating the X-ray structures for halo- and thermophilic ribosomal subunits with biochemical data for the Escherichia coli ribosomes. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Vol. LXVI – The Ribosome, CSH Laboratory Press. 2001. Sergiev P., Bogdanov A., Dontsova O., Ribosomal RNA guanine-(N2)-methyltransferases and their targets. – Nucleic Acid Res., 2007,35, 2295-301. Лауреат Гос. премии СССР по науке и технике (1986 г.), Фулбрайтовской премии (США, 1976 г.), Ломоносвской премии МГУ (1997 г.), премии им. Александра фон Гумбольдта (ФРГ, 2000 г.), премии им. М.М.Шемякина РАН (2001 г.). Ключевые слова Биоорганическая химия. Молекулярная биология.