Область научных интересов - Паразитология, протистология, зоогеография, экология. Сфера научной деятельности – экология паразитарных сообществ. Вице-президент Паразитологического общества, член редколлегий 3 журналов (Паразитология, Zoosystematica Rossica, Acta zoologica lituanika), главный редактор Трудов Зоологиче-ского института. Под его руководством защищены 2 кандидатские и 3 докторские диссертации. Он - член Диссертационного совета Д 002.223.01 по специальностям 03.00.09 – энтомология, 03.00.19 – паразитология, 03.00.33 – протистология при Зоологическом институте РАН. Основные научные труды 1. Пугачев О.Н. Паразиты пресноводных рыб северо-востока Азии. Л., 1984. 155 с. 2. Пугачев О.Н. О принципах морфофункционального анализа срединных крючьев низших моногеней. Исследования моногеней. Л., 1988. С.49-59 3. Пугачев О.Н. Зоогеографические особенности паразитофауны рыб Ледовитоморской про-винции. Паразиты и болезни гидробионтов Ледовитоморской провинции. Новосибирск, 1990. С.5-15 4. Алимов А.Ф., Лобанов А.Л., Пугачев О.Н. Сравнительный анализ реляционного и сетевого подходов к созданию банков данных по систематике, экологии и географическому распро-странению животных. Журнал общей биологии. 1993. Т.54, N.1. C.96-103. 5. Pugachev O.N., Fagerholm H.-P. A bibliography and an index list on parasites and parasitic dis-eases of fish in Northern Europe. Abo Academi, Turku. 1995. 158 pp. 6. S.D’Amelio, K.D. Mathiopoulos, C. Portes Santos, O. Pugachev, L. Paggi. Genetic markers in ri-bosomal DNA for the identification of members of the genus Anisakis (Nematoda: Ascaridoidea) defined by PCR-based RFLP. International Journal for Parasitology, 2000, 30 (2), p. 223-226 7. Pugachev O.N. Infracommunities: structure and composition. Bull. Scand. Soc. Parasitol. 2000, 10(2), p. 49-54 8. Bauer O.N., Pugachev O.N., Voronin V.N. Parasite and diseases of sturgeons in Russia: a review. J. Appl. Ichthyol. 18, 2002, p. 1-10 9. Пугачев О.Н. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии. Простейшие. Изд-во СПбГУ, 2001. 240 с. 10. Пугачев О.Н. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии. Книдарии, моногенеи и цестоды. Изд-во СПбГУ, 2002. 238 с. 11. Пугачев О.Н. Паразитарные сообщества и нерест рыб. Паразитология. 2002, 36(1). с. 3-10 12. Пугачев О.Н. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии. Трематоды. Изд-во СПбГУ. 2003. 224 c. 13. Пугачев О.Н. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии. Нематоды и др. Изд-во СПбГУ. 2004. 240 с. 14. Колпаков Н.В., Герасев П.И., Пугачев О.Н. Моногенеи (Monogenea; Platyhelminthes) как зеркало истории биогеографических регионов: распространение дактилогиридей (Dactylogy-ridea) на рыбах юга Дальнего Востока. I. Введение. Известия ТИНРО. 2007. Том 150. С. 248-259. 15. Пугачев О.Н., Подлипаев С.А. Тип Myxozoa. Протисты. Ч. 2. СПб, Наука, 2007. с.1045-1082. 16. Пугачев О.Н., Крылов М.В., Белова Л.М. Природный резервуар вирусов гриппа А. Между-народный вестник ветеринарии, 2008. № 2.С. 12-17. Ключевые слова Паразитология