Автор 202 научных работ, из них 2 монографий и 1 учебного пособия. Шалагиным А.М. сделан выдающийся вклад в область взаимодействия излучения с газовыми средами: заложены основы спектроскопии сверхвысокого разрешения, свободной от пролетного уширения; развита теория нелинейных резонансов, включающая в себя различного рода процессы релаксации. Особенно широкую известность в международных научных кругах Шалагин А.М. приобрел благодаря открытию нового физического явления - светоиндуцированного дрейфа (СИД) - и других газокинетических эффектов, индуцированных резонансным излучением. В последние годы Шалагиным А.М. с сотрудниками теоретически обоснован, экспериментально наблюден и изучен эффект формирования инверсии заселенностей при нерезонансном поглощении интенсивного лазерного излучения. Шалагин А.М. преподает в Новосибирском госуниверситете, заведует кафедрой «Квантовая оптика», среди его учеников 5 докторов и 8 кандидатов наук, он участвовал в организации многих международных конференций и семинаров. Шалагин А.М. является заместителем председателя Объединенного ученого совета по физико-техническим наукам СО РАН, председателем докторского диссертационного совета при ИАиЭ СО РАН, членом Ученого совета Новосибирского государственного университета, редакционного совета журнала «Квантовая электроника», главным редактором журнала «Автометрия» СО РАН. Ключевые слова Квантовая оптика. Нелинейная спектроскопия. Квантовая электроника и газовая кинетика в поле лазерного излучения.