Наряду с собственной научной работой Ж. Палис проявил себя как выдающийся организатор науки. В 1971 году им был создан Институт чистой и прикладной математики в Рио де Жанейро (формально Палис был его директором в 1993-2003, фактически возглавляет Институт с самого начала и по настоящее время). Под его руководством Институт в интересующей Палиса тематике стал в один ряд с ведущими центрами США, России и Франции. Ж. Палис был вице-президентом АН Бразилии в1998-2001 годах и занимает этот пост с 2004 года по настоящее время. Он играл и играет большую роль в организации научной работы в Латинской Америке и других развивающихся странах (например, был генеральным секретарем Академии наук развивающихся стран в 2000-2003), так и во всем мире. Кульминацией научно-организационной деятельности Ж. Палиса и одновременно признанием его заслуг явилось избрание Президентом Международного Математического Союза (1999-2001; в 1991-1998 был секретарем этого Союза). Из других его научно-организационных постов отметим еще два: член научного Совета Колледж де Франс (с 2003) и член (в 2003 -- Президент) Научного Совета Международного Центра Теоретической Физики в Триесте. Является иностранным членом Национальной АН США (2002) и Французской АН (2002), а также членом ряда других академий и научных обществ, почетным доктором или профессором нескольких университетов (в том числе Варвикского в Англии, 2000). Награжден французским орденом Почетного Легиона (2005). Незадолго до прибытия Палиса на учебу в США началось оформление и развитие нового большого раздела теории дифференциальных уравнений – теории динамических систем с гиперболическим поведением траекторий, что связано с явлениями, характеризуемыми более популярным и довольно неопределенным по содержанию, но потому и более широким словом "хаос''. Палис активно включился в эту тематику. Уже его первые работы содержали как ответ на весьма актуальный в то время вопрос о структурной устойчивости одного важного класса динамических систем (систем Морса -- Смейла), так и разработку "технического аппарата'', оказавшегося полезным для многих целей. Эти первые работы отражали раннюю концепцию гиперболичности, когда внимание фокусировалось на тех системах, в которых гиперболическое поведение траекторий было выражено в известном смысле наиболее резко. Около 1970 назрела необходимость выхода за рамки ранней концепции, при этом заметно возросла роль теории бифуркаций, т.е.исследования качественных изменений в поведении траекторий, происходящих при изменении параметров динамической системы; ранее такие исследования касались "регулярного'' поведения траекторий, а теперь - "хаотического''. Палис со временем стал одним из признанных лидеров в этой области. Здесь ему принадлежит ряд значительных достижений, прежде всего, о рождении или исчезновении странных аттракторов при бифуркациях. Им также намечена обширная программа исследований, оформленная в виде ряда вопросов, положительный ответ на которые привел бы к довольно законченной картине, а отрицательный --- к открытию качественно новых явлений. Заметная часть наиболее значительных исследований в современной теории динамических систем была стимулирована программой Палиса и представляет собой ее частичную реализацию. Палис является автором примерно 80 научных статей и двух монографий. Он неоднократно выступал с докладами по приглашению на международных научных конференциях, в том числе на Международном математическом Конгрессе 1978 (Хельсинки) и на конференциях памяти А.Н. Колмогорова (1992, 2003) и И.Г. Петровского (2001). Работал или работает в редакциях 9 научных журналов. В Бразилии Палис воспитал свыше 40 ученых, опубликовавших ряд хороших научных работ в престижных журналах США и Европы. Многие из них продолжают успешно работать, а некоторые стали лидерами в выбранной области.